1. Der wichtigste Grund ist sicher einmal dadurch gegeben, dass wie oben beschrieben, die bedeckende Haut mit der darunter liegenden Hirnhaut nicht den notwendigen mechanischen Schutz des Hirns gewährleisten kann. Jeder Stoß an einer solchen Stelle kann dramatische Folgen haben. Manchmal kommen Anfallsleiden (Epilepsie) in Zusammenhang mit dem Schädeldefekt noch hinzu und machen Verletzungen wahrscheinlicher.
2. Weiterhin stellen zumindest großflächige Schädelknochendefizite oft eine erhebliche kosmetische Beeinträchtigung bis hin zur Entstellung dar.
3. Zum Teil haben sich aber nach Schädelknochenverlust oft eine erhebliche Minderung im normalen Bewegungsablauf des Betroffenen oder auch andere Verluste im Wahrnehmungs- und Empfindungsvermögen eingestellt. Hier wird in vielen Situationen von den Rehabilitationsmedizinern zu gegebener Zeit auch ein Ausgleich des Knochendefektes dringend anempfohlen, weil sich das eingesunkene Gehirn teilweise danach wieder entfalten kann. Die Rekonstruktion des Schädels kann nachteilige neurologische Folgezustände wie auch Epilepsien in manchen Fällen bessern.